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Seit 2006 besteht im Kanton Uri mit der behördenverbindlichen kantonalen Richtlinie zur Festlegung des Gewässerraums an Fliessgewässern eine Vollzugspraxis für die Ausscheidung der Gewässerräume in den Gemeinden, die sich auf die Wasserbauverordnung abstützt. Mit Inkrafttreten des Kantonalen Umweltgesetzes (KUG) per 1. Juni 2007 stützt sich die Richtlinie auch auf Artikel 12 Absatz 3 KUG ab. Die im KUG verankerte Pflicht ist zusätzlich seit 2012 im neuen kantonalen Planungs- und Baugesetz (PBG) enthalten und wird im Reglement zum Planungs- und Baugesetz (RPBG) näher geregelt.
Mit Inkrafttreten des revidierten Gewässerschutzgesetzes (GSchG) am 1. Januar 2011 bzw. der -verordnung (GSchV) am 1. Juni 2011 werden die Gewässerräume auf Bundesebene konkreter geregelt, auf stehende Gewässer ausgeweitet und zusätzlich eine extensive Bewirtschaftung und Gestaltung der betroffenen Flächen vorgeschrieben. Ziel ist ein gewässergerechter Uferbereich mit einer standortgerechten Vegetation. Der Gewässerraum darf weiterhin landwirtschaftlich genutzt werden, sofern die Nutzung den Anforderungen der Direktzahlungsverordnung (DZV) als ökologische Ausgleichsfläche entspricht.
Die Bewirtschafter können die betroffenen landwirtschaftlichen Nutzflächen als ökologische Ausgleichsfläche anmelden und erhalten eine höhere Beitragsleistung zum Ausgleich von Ertragsminderungen und Bewirtschaftungseinschränkungen. Grundsätzlich sind im Gewässerraum keine Bauten und Anlagen zulässig. Damit und mit der extensiven Bewirtschaftung sollen die natürlichen Funktionen der Gewässer und der Schutz vor Hochwasser sichergestellt werden. Gemäss den bundesrechtlichen Vorgaben gilt der Gewässerraum nicht als Fruchtfolgefläche (FFF) und wird extensiv bewirtschaftet. Ersatz für einen Verlust an FFF ist jedoch nur für effektive Verluste (z. B. Erosion oder Bodenabtrag) zu leisten. Böden mit FFF-Qualität können als Potenzial für den Krisenfall separat angerechnet werden (gemäss Bundesamt für Raumentwicklung. Der Gewässerraum ist bei der Richt- und Nutzungsplanung zu berücksichtigen.